Buenas.
Lo primero de todo... paciencia
. Te cuento mi experiencia:
Yo hace años me metí en un berenjenal semejante, y sí, de todo se sale, pero lo cierto es que se tarda bastante (yo tardé unas 6 horas para 120 litros) y es cansado, pero al final merece la pena.
Lo que yo hice es comprar una caja de plástico de almacenamiento para ropa de esas transparentes que venden en los chinos. Eché toda el agua del acuario que pude y las plantas (no recuerdo el volumen, pero me suena que alrededor de 50 litros). Luego, otros cubo de agua de unos 10 litros.
Quité las plantas, eso fue fácil. Luego a pescar peces. Ahí ya dependerá de las especies que tengas. En mi caso, corydoras, zorros voladores y ancistrus fueron un dolor para pescarlos. Una vez pescados, a la caja de plástico con el agua.
Se me olvidaba: el filtro que tenía (de mochila) lo puse a funcionar en la caja.
Luego hay quitar el agua que queda, y el 'chocolate' que se queda en el fondo (sí, tenía sustrato nutritivo...). Después, limpié la urna lo mejor que pude con agua del grifo, sin ningún tipo de detergente. Ya te digo que al final quitar la grava se hace tedioso, porque siempre hay granitos que los tienes que ir cogiendo uno a uno...
Después se pone la grava nueva (es más que recomendable lavarla antes de introducirla para quitarle el polvo que trae, y preferentemente no el mismo día, porque si no, te eternizas).
Finalmente, rellenar con el agua de la caja de plástico y con algo de agua que tenía tratada previamente. Vuelta otra vez el filtro al acuario. Luego, plantar de nuevo (un cerro de plantas en mi caso) y, finalmente, los peces.
Acabas echo cisco, pero no tuve problemas ni con plantas ni con peces.
Espero que te sirva para hacerte una idea.