Yo le veo varios problemas a lo de fabricarse una bomba casera como la que propones.
1) tienes que buscar un motor potente, ya que en cuanto el filtro esté un poco bajo o alto tendrá que mover mucho volumen para hacer la presión suficiente para que el agua circule.
2) tienes que hacerla bien hermética, que eso de juntar electricidad con agua no suele salir bien
3) tienes que elegir buenos materiales, a los que puedas dar la forma que quieres y que no sea perjudiciales para el acuario. Recuerda que los acuarios son ecosistemas sensibles y muchos materiales están desaconsejados.
Por otro lado, hablas de meterlo en un bote de mayonesa .... espero que no sea de cristal, porque taladrar cristal es bien complicado, y no te cuento hacerlo bien para que luego no se te rompa y quede bien sellado (que como no sea así, no te cuento la que lías con el acuario)
Como los filtros canister no se pueden hacer de cualquier forma, te recomiendo una solución más sencilla, como la que hice en su día
Filtro externo cascada
Saludos!