La reputación es una forma de dar gracias, hay quien es muy agradecido y hay quién no lo es, y dentro de los que son agradecidos los hay que dan reputaciones, los que hay que te lo dicen en persona o los que te lo dicen directamente en el mismo post.
Personalmente me parece una herramienta interesante para poner muchos hilos en el foro con "gracias", pero tampoco ha de dar lugar a piques, puede que alguien muy agradecido frecuente más la zona verde y por eso se repartan más positivos por allí (por poner un ejemplo) pero es que nunca pretendió ser una valoración objetiva, así que no os lo teméis como tal ni como que alguién sin reputación no deba ser tenido en cuenta.