Justo eso iba a comentar, en el rio no controlas qué patógenos hay, lo mismo puedes introducir, no algo ya dañino para los animales, si no para el ser humano. Salmonela, e-coli, legionella, pseudomonas... Esto es lo típico, que no pasa nada en el 98% de los casos, hasta que te toca estar en el 2%.
No veo necesidad de ese riesgo por no esperar 20 días sinceramente...
Lo de cojer sedimentos de un río es, sin duda, efectivo. Pero tiene sus riesgos...
Pero si ya tienes otros acuarios y quieres montar uno nuevo y acelerar el proceso solo tienes que sifonar un acuario (o limpiar el filtro) y tirar en el nuevo la porquería que saques. Ahí van más bacterias que en cualquier bote y no debería ir ningún patógeno (a no ser que lo tengas en el acuario del que lo saques).
La cosa es que hay muchos microorganismos capaces de interactuar con las formas de nitrógeno... Pero los que de verdad nos interesan no forman esporas y se mueren relativamente rápido si no tienen comida y unas condiciones concretas.
Yo no se lo que hay dentro de los botes, pero me cuesta creer que sean los que realmente nos interesan a largo plazo.