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Si ya sacaste todo el aire, comprueba en los próximos días u horas que no vuelva a salir mas aire......eso significa sin duda que está entrando aire por algún lado.
Puedes sellar con vaselina neutra todas las uniones de las mangueras para asegurar.....aunque me extraña que sea eso.
También podríamos pensar en un problema de cavitación, pero no lo creo ya que probaste el filtro en vacío

Si compruebas que no entra aire puedes echar vaselina neutra en el propio eje y el rotor, eso va a reducir el ruido por fricción aunque no soluciona la posible entrada de aire.

Y si al final no lo solucionas no te comas el tarro y devuelvelo si está en garantía.....y personalmente me pillaría otro que no fuese Ecco

¿En vacío te refieres a sin las cargas filtrantes, verdad??? Porque enchufé también durante un segundo la cabeza del filtro sin ponerlo, y sonaba que parecía que iba a estallar!!!! Sé que esto no es bueno hacerlo, pero alguna vez yo la bomba de mi filtro interna ha estado en funcionamiento sin agua y el rotor va perfecto, pero en este Eheim como te digo el rotor sin agua no funciona bien.

En cuanto a lo de la vaselina en el eje y el rotor, tampoco lo descarto, porque si bien es cierto que las burbujas ahí están, tampoco descarto al 100% que sea un tema del rotor. Una duda: el cabezal dentro trae algún motor o algo? ¿Puede que sea ese motor el que mete ruido, o eso es imposible?? Digo porque todo lo que está fuera de ese cabezal ya lo he revisado y aparentemente está correcto, así que a ver si va a ser justo lo que está dentro de ese cabezal y que no se puede ver lo que genera el ruido.

Yo de momento ya he solicitado la devolución, ahora tengo 30 días para enviarlo, por lo que lo vigilaré unos días más, y si finalmente veo que es imposible que mejore, pues lo devolveré...... Pero me da rabia, porque ya que lo tengo todo montado y funcionando......