Personalmente el color del filtro me da un poco igual, aunque transparente no me parece practico, por que lo mas posible es que se llene de algas.
Lo importante es la capacidad y la eficacia del sistema y mas teniendo en cuenta que es algo que en el 99% esta debajo del mueble donde poca luz le va a dar
Las bacterias nitrificantes se desarrollaron sin luz, ese es el motivo por el que consumen Nh3 o NO2 como fuente de energía en lugar de usar la luz solar como la mayoría de las bacterias autotrofas.
En esa ausencia de luz donde se desarrollaron utilizaron la oxidación de los nitrogenados como alternativa a la energía lumínica. Y precisamente por desarrollarse sin luz carecían de protección ante ella, la luz UV afecta a las bacterias, salvo que estén específicamente preparadas para protegerse de ella (ejemplo, las algas unicelulares).
Dicho esto hay varios "peros". El primero es que no toda luz UV hace daño, concretamente son letales las radiaciones a 230 y 280 nm y son mutagénicas a 260 nm. Estas longitudes de onda no se encuentran en la luz blanca artificial, y a penas llegan a traspasar la atmósfera. El segundo es que la luz UV es muy poco penetrante, no atraviesa sólidos, ni siquiera mucho sólidos transparentes y a penas atraviesa líquidos.
Pero la luz UV no es la única que puede dañar a las bacterias. La cosa está un poco verde aún, pero se están empezando a usar lámparas LED azules (405 nm) para eliminar bacterias del aire. Toda radiación con la suficiente energía puede generar radicales libres del oxígeno, que pueden dañar a las bacterias, y que no llegarían a un filtro opaco porque su tiempo de vida es muy pequeño.
Por lo tanto, yo creo que para establecer una colonia bacteriana si es bueno apagar las luces, pero una vez establecida la colonia no creo que le afecte la luz tanto cómo para provocar daños y por tanto no creo que importe que el filtro sea transparente.
Particularmente, a pesar de lo dicho, me gustan los filtros opacos, porque lo que si crece con luz son las algas, y retirarlas es un dolor de muelas.